Jak pisze agencja AFP, Montagnier od ponad dziesięciu lat stał się postacią kontrowersyjną w swoim środowisku naukowym z powodu wygłaszania wątpliwych teorii i był stopniowo wykluczany ze społeczności naukowej.
Montagnier 6 października 2008 został, wspólnie z Françoise Barre-Sinoussi, laureatem Nagrody Nobla w dziedzinie fizjologii i medycyny za wkład w odkrycie ludzkiego wirusa zespołu nabytego niedoboru odporności, zwanego wirusem HIV.
Kontrowersyjne teorie na temat koronawirusa. Negatywnie o szczepionkach
Po wybuchu pandemii Covid-19 przypomniał o sobie kontrowersyjnymi teoriami na temat koronawirusa. Twierdził m.in. że wirus SARS-CoV-2 nie ma pochodzenia naturalnego, lecz został stworzony w laboratoriach.
Wielokrotnie także wypowiadał się negatywnie na temat szczepionek przeciw Covid-19. Według niego masowe szczepienia przeciwko koronawirusowi podczas pandemii są działaniem "nie do pomyślenia" i historyczną pomyłką, która "tworzy warianty" i prowadzi do zgonów z powodu choroby.