Sprawa zaczęła się z trzygodzinnym opóźnieniem z powodu fałszywego alarmu bombowego w Sądzie Okręgowym w Warszawie.
Obecnie prokurator odczytuje akt oskarżenia, którego uzasadnienie ma być tajne, gdyż powołuje się na niejawne akta sprawy. Odtajnienia całości akt niejawnych chce i obrona, i sam Modrzejewski (jako oskarżyciel posiłkowy żąda on też zadośćuczynienia od oskarżonych na cel społeczny).
Proces może trwać kilka lat, bo prokuratura planuje wezwać ok. 150 świadków, w tym b. premierów Leszka Millera i Marka Belkę, b. ministrów Barbarę Piwnik i Wiesława Kaczmarka, posłów komisji śledczej ds. PKN Orlen, prokuratorów, oficerów służb i dziennikarzy.
7 lutego 2002 r. Modrzejewski został zatrzymany na kilka godzin przez UOP. Po złożeniu wyjaśnień i postawieniu mu w prokuraturze zarzutów w sprawie ujawnienia w 1998 r. ówczesnemu szefowi PZU Życie Grzegorzowi Wieczerzakowi poufnej informacji został zwolniony, następnego dnia stracił jednak stanowisko. Przedstawiciele opozycji mówili wówczas o politycznym charakterze zatrzymania, służącym zmianie szefa tej firmy. Sam Modrzejewski uznał zatrzymanie za prowokację. Potem sąd uznał jego zatrzymanie za niezasadne, a prezesa uniewinniono ze stawianego mu zarzutu.
W lutym br. katowicka prokuratura oskarżyła Siemiątkowskiego, jego ówczesnego zastępcę Mieczysława Tarnowskiego i szefa zarządu śledczego UOP Ryszarda Bieszyńskiego. Zarzucono im przekroczenie uprawnień w sprawie zatrzymania prezesa PKN Orlen i bezprawne pozbawienie go wolności. Prokuratura uznała, że oskarżeni działali w celu uniemożliwienia prezesowi PKN Orlen podpisania umowy na dostawy ropy naftowej między PKN Orlen i firmą J&S, a "cel jego zatrzymania był inny niż zabezpieczenie prawidłowego toku postępowania".
Oskarżeni, którym grozi do 5 lat więzienia, nie przyznali się do winy. Twierdzą, że wykonywali polecenie prokuratury. Siemiątkowski mówił w sądzie dziennikarzom, że ma nadzieję, iż proces wykaże jego niewinność. Przyznał, że UOP miał zastrzeżenia co do kontraktu Orlen z J&S, co "wynikało z kompetencji UOP".
Śledztwo trwało prawie sześć lat. Przez ostatnie trzy lata prokuratorzy czekali na decyzję sądu dyscyplinarnego w sprawie uchylenia immunitetu prok. Małgorzacie Dukiewicz, nadzorującej postępowanie co do Modrzejewskiego. Śledczy chcieli postawić jej zarzuty. Gdy w 2009 r. zapadła prawomocna decyzja prokuratorskiego sądu dyscyplinarnego o odmowie uchylenia immunitetu, jej wątek umorzono; wówczas przygotowano akt oskarżenia wobec pozostałej trójki.
Sprawą Modrzejewskiego zajmowała się też sejmowa komisja śledcza, która doniosła o przestępstwie przekroczenia uprawnień prokuratorów z tej sprawy. Śledczy badali także m.in., czy w sprawę Orlenu byli zaangażowani ówczesny prezydent Aleksander Kwaśniewski i premier Miller, a także inni urzędnicy. Nie znaleziono jednak na to żadnych dowodów.
Siemiątkowski miał też inne procesy. Uniewinniono go z zarzutu przecieku tajnych informacji o śledztwie ABW w sprawie spółki PERN "Przyjaźń" oraz z zarzutu nienadania klauzul tajności swym notatkom z rozmowy w 2003 r. z Janem Kulczykiem o jego spotkaniu z rosyjskim szpiegiem Władimirem Ałganowem. Za przechowywanie w domu tajnych dokumentów UOP sądy ukarały go zaś karą roku więzienia w zawieszeniu, 5 tys. zł grzywny i dwuletnim zakazem pełnienia funkcji związanych z dostępem do tajemnic państwowych.
53-letni Siemiątkowski uczestniczył w obradach Okrągłego Stołu ze strony władz. Za rządów SLD był m.in. szefem MSW, koordynatorem służb specjalnych, szefem UOP, szefem AW; był też posłem i ministrem w kancelarii prezydenta Kwaśniewskiego. Odszedł z polityki po nieudanym starcie w wyborach w 2005 r. Jest wykładowcą; pisze książki o służbach specjalnych.
