Współpracownicy Muzeum obwiniają za to księdza Pawła D., który pełnił rolę jego dyrektora od 2010 roku. W ciągu dwóch lat Ministerstwo Kultury i samorząd wyłożyły na jego przebudowę budynków 25 mln zł. Według szacunków, dom rodzinny Jana Pawła II, odwiedzałoby co roku 300-400 tys. ludzi.
Ksiądz Paweł, według informacji "Newsweeka", prezesował kościelnemu wydawnictwu Anima Media i był cichym wspólnikiem słowackiego biura podróży Awertour. Kapłan obracał dużymi kwotami, które z biegiem czasu coraz rzadziej trafiały do osób, do których powinny.
Działalność ks. D. zaczęła niepokoić. Pierwsze donosy na jego działalność trafiły do kurii i sejmiku wojewódzkiego. Potem do prokuratury w Wadowicach i Centralnego Biura Antykorupcyjnego. Ksiądz został odwołany.
