Samorządy nieskutecznie walczą także z problemem bezpańskich psów i kotów. Kontrola NIK wykazała, że spośród przeznaczonych na te cele pieniędzy ponad jedna trzecia została wydana nielegalnie lub niegospodarnie. Wysiłki wielu organizacji pozarządowych sprawiają jednak, że wzrasta w Polsce liczba zwierząt adoptowanych.

NIK sprawdziła, czy zmiany w ustawie o ochronie zwierząt wpłynęły na poprawę ich losu. Okazało się, że gminy nadal nie radzą sobie z zapewnieniem właściwej opieki bezpańskim zwierzakom. Nieskutecznie także zapobiegają ich bezdomności. W większości gmin ograniczano się do jednostkowych działań.

Schroniska nie są w stanie zapewnić zwierzętom godnych warunków bytowania. W 7 na 10 schronisk psy i koty nie mają odpowiednich pomieszczeń, legowisk ani wybiegów, w 4 na 10 przebywają w złych warunkach sanitarnych - zanieczyszczonych odchodami kojcach i boksach. W co piątym schronisku zwierzęta są źle karmione. W takich warunkach nie udaje się przetrwać co czwartemu zwierzęciu przyjętemu do schroniska.

Kontrola wykazała też, że gminy przeważnie prawidłowo reagują na zgłoszone przypadki znęcania się nad zwierzętami. Nie radzą sobie natomiast z prowadzeniem rzetelnej ewidencji wyłapywanych psów i kotów, i śledzeniem ich dalszych losów.

Ponad jedną trzecią środków przeznaczonych w skontrolowanych gminach na finansowanie opieki nad zwierzętami wydano nielegalnie. Na przykład dając zlecenia firmom, które nie miały odpowiednich zezwoleń na wyłapywanie zwierząt i nie zapewniały miejsc w schroniskach.

W żadnej ze skontrolowanych umów gmin ze schroniskami i firmami wyłapującymi zwierzęta wysokość opłat nie była skalkulowana na podstawie rzeczywistych kosztów. Ograniczenie wydatków odbijało się na zwierzętach.