Izraelczycy zaatakowali błyskawicznie wczesnym rankiem, 5 czerwca. Szybko zdobyli półwysep Synaj, wzgórza Golan oraz strefę Gazy i Cisjordanię. Trzeciego dnia wojny izraelscy spadochroniarze wkroczyli przez Bramę Lwa do Starego Miasta w Jerozolimie.

Po ciężkich ulicznych walkach opanowano Zachodnią Ścianę i Wzgórze Świątynne. W ten sposób zakończył się długi okres podziału Jerozolimy na dwie części - arabską i żydowską. Zjednoczona Jerozolima znalazła się w całości w Izraelu. W rezultacie wojny Izrael trzykrotnie powiększył swoje terytorium kosztem Egiptu, Syrii i Jordanii.

Dwóch izraelskich autorów książki "MiGi nad Dimoną" twierdzi, że konflikt został celowo wyreżyserowany przez ZSRR. Wszystko po to, by mieć pretekst do zniszczenia izraelskiego programu nuklearnego.

Radzieckie samoloty, na krótko przed wybuchem wojny sześciodniowej, miały jakoby przelecieć nad ośrodkiem nuklearnym Dimona. Chodziło o to, by zachęcić Izrael do wojny i by mieć pewność, że potem Dimonę będzie można zniszczyć.

Wzdłuż izraelskiego wybrzeża miały stać radzieckie nuklearne łodzie podwodne, gotowe do odpalenia pocisków, gdyby Izrael faktycznie posiadał wówczas broń jądrową.