W swej długiej karierze Huntington zajmował się problematyką bezpieczeństwa międzynarodowego. Współpracował z amerykańskimi agencjami rządowymi zajmującymi się sprawami bezpieczeństwa narodowego.
W "Zderzeniu cywilizacji", wydanym w formie książkowej w 1996 roku (książka była rozwinięciem eseju z 1993 roku, opublikowanego na łamach "Foreign Affaires") Huntington twierdzi, że trzecia wojna światowa nie będzie toczyła się między państwami, a cywilizacjami. Jego zdaniem, źródłami konfliktów międzynarodowych będą różnice kulturowe zdeterminowane podziałami religijnymi.
Książka ta została przełożona na kilkadziesiąt języków, a teoria Huntingtona okazała się mocno kontrowersyjna, znajdując zarówno wielu zwolenników, jak i krytyków.
Huntington zmarł 24 grudnia na wyspie Martha's Vineyard w stanie Massachusetts. O zgonie poinformowano dopiero dziś.
