Miyake urodził się w Hiroszimie w 1938 r. Miał 7 lat, kiedy na jego miasto spadła bomba atomowa. - Kiedy zamykam oczy, wciąż widzę rzeczy, których nikt nigdy nie powinien doświadczyć - napisał w 2009 r. na łamach dziennika "New York Times". Poinformował też, że jego matka zmarła trzy lata po ataku na skutek napromieniowania. Projektant dodał, że woli myśleć o rzeczach, "które mogą zostać stworzone, a nie zniszczone oraz, które przynoszą piękno i radość".
W młodości Miyake marzył o zostaniu tancerzem lub sportowcem. Modą zainteresował się po przeczytaniu magazynu modowego swojej siostry.
Studiował projektowanie graficzne na Tokijskim Uniwersytecie Sztuki, a projektowania odzieży nauczył się w Paryżu, gdzie pracował jako asystent słynnych projektantów mody Guy Laroche'a i Huberta de Givenchy. Następnie przeniósł się do Nowego Jorku skąd w 1970 r. powrócił do Tokio i założył firmę Miyake Design Studio. Rok później, w 1971 r. po raz pierwszy zaprezentował swoją kolekcję na pokazie w Nowym Jorku.
Pod koniec lat 80. Issey Miyake zinterpretował ideę plisowania ubrań na swój własny, autorski sposób, tworząc paradoksalne i pozornie sprzeczne połączenie. Zainspirowało go do tego spotkanie z choreografem Williamem Forsythem i z zespołem baletowym we Frankfurcie. Forsythe namówił Miyake na stworzenie kostiumów do baletu "The Loss of Small Detail". Projektant rozpoczął eksperymenty z tkaninami, tak aby stworzyć kostiumy, które pozwolą tancerzom swobodnie się poruszać. Z tych prób powstał materiał Pleats Please. Stał się ubiorem do noszenia na co dzień, jednocześnie ponadczasowym i oryginalnym.
Zajmował się również tworzeniem perfum, największą sławę przyniosła mu kolekcja L’Eau d’Issey, która jest w sprzedaży od równo 30 lat.
W 1997 r. projektant przeszedł na emeryturę. Otrzymał wiele wyróżnień, m.in. w 2010 r. został nagrodzony japońskim Orderem Kultury za niezwykłe osiągnięcia w dziedzinie działalności artystycznej i kulturalnej Japonii..