Materiały z archiwów IPN na temat arcybiskupa Kowalczyka zbadała - na jego własną prośbę - Komisja Historyczna Metropolii Warszawskiej. Specjaliści stwierdzili, że istniejące materiały nie zawierają żadnych przesłanek wskazujących na współpracę ówczesnego księdza prałata Józefa Kowalczyka z organami bezpieczeństwa PRL. Z materiałów, analizowanych przez Komisję, wynika, że ksiądz Józef Kowalczyk od 1963 roku był inwigilowany przez Służę Bezpieczeństwa.
Po wyjeździe do Rzymu i podjęciu pracy w urzędach Stolicy Apostolskiej znalazł się w 1971 roku w kręgu zainteresowania Departamentu I Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, który zajmował się wywiadem. W 1982 roku został zarejestrowany przez Wydział III Departamentu I MSW jako kontakt informacyjny o kryptonimie Cappino. Pod datą 3 stycznia 1990 roku widnieje informacja o zniszczeniu całości materiałów "z powodu ich nieprzydatności operacyjnej."
Rzecznik Episkopatu podkreśla, że rejestracja jako kontakt informacyjny arcybiskupa Kowalczyka nastąpiła w czasie, gdy pracował on w Watykanie i prowadził oficjalne rozmowy z przedstawicielami władz PRL, co należało do jego obowiązków. Tego rodzaju kontaktów żadną miarą nie można traktować jako działalności agenturalnej - stwierdza oświadczenie ekspertów, pracujących dla Komisji Historycznej.
W swoim oświadczeniu podkreśla ona, że "służby wywiadu PRL interesowały się wszystkimi polskimi pracownikami Stolicy Apostolskiej, a zainteresowanie to nasiliło się po wprowadzeniu w Polsce stanu wojennego 13 grudnia 1981 roku, zwłaszcza w czasie przygotowań do pielgrzymki Ojca Świętego Jana Pawła II do Ojczyzny, która odbyła się w czerwcu 1983 roku".
