Z akt IPN wynika, że duchowny współpracował z bezpieką przez ponad 20 lat. Ksiądz Czajkowski miał być bardzo cennym agentem SB, bo donosił m.in. na księdza Jerzego Popiełuszkę i Komitet Obrony Robotników. Dokumenty te ujawnił dr Tadeusz Witkowski.

Sprawą zajęli się redaktorzy "Więzi" - miesięcznika, z którym związany był duchowny. IPN zapowiedział, że przekaże dziennikarzom wszystkie akta w tej sprawie. W lipcu mają podzielić się swoimi wnioskami z czytelnikami.

Ksiądz Czajkowski zrezygnował z funkcji asystenta kościelnego "Więzi". Upoważnił też redakcję do przekazania wyrazów ubolewania za swoją "nieroztropność w przeszłości".