Kowalczyk oskarżony był o niedopełnienie obowiązku służbowego oraz składanie fałszywych zeznań i zatajanie prawdy. Sąd Rejonowy w Kielcach uznał, że jest winny.

W marcu 2006 roku w pierwszym procesie ten sam sąd uniewinnił generała. Uznał, że Kowalczyk - nie informując prokuratury o przecieku informacji na temat planowanej akcji CBŚ w Starachowicach i składając fałszywe zeznania - realizował swoje prawo do obrony.

Ale sąd przyjął wtedy, że były szef policji był pierwszym źródłem przecieku i zasugerował, że można by go oskarżyć o ujawnienie tajemnicy państwowej. Od wyroku odwołała się prokuratura.

W marcu 2007 roku Sąd Najwyższy, który rozpatrywał apelację, uchylił pierwszy wyrok sądu rejonowego, ale zastrzegł, że w nowym procesie może znów zapaść wyrok uniewinniający - i to nawet korzystniejszy dla byłego szefa policji, bo stwierdzający, że nie popełnił on żadnego przestępstwa.