Prezydent, pytany jak wyglądają jego relacje z ministrem obrony narodowej Antonim Macierewiczem odparł, że "to trudna współpraca". - Konstytucja mówi, że prezydent jest najwyższym zwierzchnikiem sił zbrojnych, ale na bieżąco wykonuje swoją funkcję za pośrednictwem ministra obrony. Te kompetencje są bardzo powiązane i kompetencje ministra obrony narodowej, jeśli chodzi o armię i jej funkcjonowanie, są daleko szersze niż kompetencje prezydenta. Siłą rzeczy dochodzi tu do różnego rodzaju kolizji - tłumaczy.

- Są zachowania i decyzje MON, z którymi trudno mi jako prezydentowi się pogodzić oraz których na pewno nie zaakceptuję - podkreślił prezydent.

Prezydent nawiązał też do sprawy dyrektora Departamentu Zwierzchnictwa nad Siłami Zbrojnymi w BBN gen. Jarosława Kraszewskiego. W czerwcu SKW wszczęła wobec niego postępowanie sprawdzające, co oznaczało odebranie mu dostępu do informacji niejawnych. Szef MON Antoni Macierewicz mówił wtedy, że w sprawie gen. Kraszewskiego "przepisy będą skrupulatnie przestrzegane". Przypomniał, że przewidują one dla takiej procedury "czas rzędu roku".

- Tak jak Platforma Obywatelska w 2008 r., próbując pozbawić Antoniego Macierewicza dostępu do informacji niejawnych, próbowała mu uniemożliwić wykonywanie obowiązków poselskich w komisji, tak samo poprzez wszczęcie postępowania uniemożliwia się wykonywanie obowiązków gen. Kraszewskiemu. To jest dokładnie ta sama metoda, ale widać punkt widzenia zależy od punktu siedzenia - powiedział Andrzej Duda. Dodał, że tę sprawę "można było dawno wyjaśnić i uciąć".

Według mediów, powodem działań SKW wobec Kraszewskiego było to, że zakwestionował on propozycje nominacji generalskich przedstawione przez Macierewicza; sprawa gen. Kraszewskiego miała też być głównym powodem wstrzymania przez prezydenta generalskich nominacji, które są tradycyjnie wręczane 15 sierpnia.

Między BBN a MON są też różnice dotyczące przyszłego systemu dowodzenia siłami zbrojnymi.

- To jest bardzo poważna sprawa, te kandydatury wymagają analizy i poprosiłem BBN o spokojne jej dokonanie, zwłaszcza że w tej chwili procedowane są bardzo ważne zmiany. Chodzi o stworzenie nowego systemu dowodzenia polską armią. Zapewniam jednak, że jeśli nic nie stanie na przeszkodzie, to z nominacjami zdążymy na czas - oświadczył prezydent.

Pod koniec września BBN podało, że szef Biura Paweł Soloch zwolnił płk. rez. Czesława Juźwika z departamentu zwierzchnictwa nad siłami zbrojnymi w BBN po uzyskaniu informacji o służbie Juźwika w Wojskowej Służbie Wewnętrznej w latach 1983-90. Napisała o tym "Gazeta Polska".

Prezydent, pytany o zarzut, że Soloch otacza się "podejrzanymi ludźmi dawnego układu" odparł, że jest tymi oskarżeniami "szczerze zdziwiony". - Lista pracowników BBN jest listą znaną resortowi obrony, bo są tam ludzie, którzy otrzymywali certyfikaty oraz są w dyspozycji służb, i jakoś przez dwa lata nikt nie zgłaszał żadnych problemów. One pojawiły się teraz. Pytanie: dlaczego teraz?  - zastanawia się prezydent.

Zdaniem Andrzeja Dudy, "problem może nie dotyczyć ludzi, lecz kwestii merytorycznych - tego, jaki jest punkt widzenia na bardzo ważne kwestie związane z obronnością państwa".