Chodzi o sprawę z 2003 roku. Siemiątkowski spotkał się wtedy z biznesmenem Janem Kulczykiem, którego wypytywał o jego rozmowę z rosyjskim szpiegiem Władimirem Ałganowem. Pytał i robił notatki. Jak potem tłumaczył - były to luźne zapiski. Potem jednak te właśnie zapiski stały się podstawą do przygotowania oficjalnej notatki ze spotkania.

Prokuratura uznała, że takie notatki albo powinny trafić do oficjalnego dziennika, albo Siemiątkowski powinien je protokolarnie zniszczyć. A tymczasem papiery wylądowały w gabinecie byłego szefa Agencji Wywiadu.

Siemiątkowski od początku tłumaczył, że zarzuty są bezpodstawne. Przekonywał, że luźne zapiski nie mogą być chronione tajemnica państwową. A poza tym on rozmawiał z Kulczykiem jak urzędnik z obywatelem, a nie jak "oficer ze swym źródłem".

Drugi zarzut - wyniesienie notatek z Agencji Wywiadu w 2004 roku tuż po tym, jak Siemiątkowski został odwołany przez premiera Marka Belkę - sąd umorzył. Choć uznał, że były szef Agencji Wywiadu jest winny przestępstwa. Odstąpił jednak od wymierzenia kary. Zabronił mu przez dwa lata dostępu do tajemnic.