Degradacja raf to ogromne niebezpieczeństwo dla całego ekosystemu: od istnienia koralowców uzależniony jest co trzeci gatunek zwierząt morskich. Tymczasem jedna piąta raf już została nieodwracalie zniszczona przez człowieka. Co więcej, w ciągu najbliższych 10-20 lat zagrożonych wyginięciem jest kolejnych 15 procent raf. W ciągu kolejnego dwudziestolecia może przepaść następne 20 procent. Największe zniszczenia powodują inwazyjne metody połowu ryb: za pomocą cyjanku lub środków wybuchowych. Rafom szkodzą też turystyka, budowa portów i przemysłowe wydobycie piasku.

Rafy koralowe są niezwykle wrażliwe na zanieczyszczenie środowiska. Szkodzi im przede wszystkim skażenie wody, ale też wyniszczanie roślinności na lądzie, które pozbawia koralowce pokarmu.

Niszczenie raf koralowych jest też szczególnie niebezpieczne dla równowagi w ekosystemie. Od ich istnienia uzależniona jest jedna trzecia gatunków morskich. Koralowce stanowią pożywienie dla rozgwiazd. Ryby szukają tam krewetek i wargaczy, a ich drobniejsze gatunki żywią się mięsem koralowych polipów, stanowią też pożywienie dla większych zwierząt, np. żółwi czy rekinów. Jamy wykopywane przez krewetki dają schronienie rybom babkowatym. Te z kolei, obdarzone bardzo dobrym wzrokiem, ostrzegają przed niebezpieczeństwem prawie ślepe skorupiaki, gładząc je po czułkach.

Oprócz bezpośredniej działalności człowieka rafom szkodzi też globalne ocieplenie. W wyniku podwyższania się temperatury wody od koralowców uwalniają się porastające je glony, które dostarczają im niezbędnego tlenu i cukrów. Zanikanie raf zaszkodzi na ostatek ludziom, ponieważ koralowce w istotny sposób osłabiają uderzenie o brzeg niszczących fal tsunami.