W 2004 roku Michalski wyleciał z hukiem ze stanowiska zastępcy dyrektora Departamentu Transportu Drogowego. Sprawa dotyczyła nadużyć finansowych przy wydawaniu certyfikatów kompetencji zawodowej dla firm transportowych. Michalski zamiast nadzorować komisje, sam w nich zasiadał i kazał sobie za to słono płacić.
Według ówczesnego ministra infrastruktury Marka Pola, urzędnicy resortu zarobili na tym procederze w sumie 3,6 mln zł. Michalski miał dostać od kilkudziesięciu do nawet kilkuset tysięcy złotych. "Wyrzuciłem go za pazerność" - mówił w jednym z wywiadów Pol. Tłumaczył, że dyrektor nie może zarabiać zamiast kontrolować.

Główny inspektor transportu drogowego, którym teraz ma zostać Michalski, jest w randze wiceministra. Inspektorzy IDT zajmują się kontrolą przewoźników i walką z przestępczością gospodarczą. Podczas kontroli mogą - podobnie jak policja - używać broni i nakładać mandaty nawet do 30 tys. zł.