Odniósł się w ten sposób do zatrzymania przez CBA pełnomocnika instytucji kościelnych w Komisji Majątkowej Marka P., podejrzanego o m.in. wielomilionowe oszustwa.
Pytany czy to zatrzymanie oraz nieoficjalne zapowiedzi kolejnych mogą mieć wpływ na pracę komisji, minister ocenił, że nie.
"Po pierwsze na początku roku komisja zmieniła reguły postępowania, poprzez wprowadzenie standardowo rozmowy z właścicielem gruntu, który miałby być przedmiotem rekompensaty dla strony kościelnej. Komisja jest również na etapie rozpatrywania końcowych - z kilku tysięcy - spraw; najtrudniejszych" - podkreślił Miller.
Komisja działająca przy resorcie spraw wewnętrznych i administracji na mocy ustawy z 1989 r., dotyczącej stosunków państwa i Kościoła, zajmuje się m.in. roszczeniami strony kościelnej ws. dóbr kościelnych bezprawnie zagarniętych przez państwo w okresie PRL. W zamian kościelne instytucje otrzymują rekompensaty, np. grunty.
W skład Komisji wchodzi 12 osób: po sześciu przedstawicieli rządu i episkopatu. Komisja zajmuje się zwrotem majątków, które zgodnie z ustawą z 1950 r. nie podlegały nacjonalizacji, gdyż nie przekraczały 50 ha. Często jednak je odbierano, nie wystawiając żadnych pokwitowań.
Przez kilkanaście lat działania Komisja rozstrzygnęła około 2,8 tys. spraw; część z nich załatwiono "w trybie nieuzgodnienia stanowiska" - nie osiągnięto porozumienia. Komisja ma do rozpatrzenia jeszcze ok. 240 wniosków. Media spekulują, że komisja jeszcze w tym roku ma zakończyć prace.
Komisja wielokrotnie była krytykowana m.in. za to, że większość decyzji zapadało za zamkniętymi drzwiami, bez konsultacji z samorządami czy zarządcami nieruchomości. Media donosiły też, że nie weryfikowano wycen gruntów przedstawianych przez rzeczoznawców Kościoła - miały być one zaniżane.
Jedna z głośnych spraw rozpatrywanych przez komisję dotyczyła przekazania 47-hektarowej działki w warszawskiej dzielnicy Białołęka zakonowi sióstr elżbietanek. Następnie za ponad 30 mln zł (na tyle kościelny ekspert wycenił działkę) siostry sprzedały ją biznesmenowi z Pomorza. Władze Białołęki twierdziły, że ziemia jest warta 240 mln zł. Mając zastrzeżenia do wyceny sporządzonej na zlecenie elżbietanek, w 2008 r. złożyły doniesienie do prokuratury.
Z kolei władze Krakowa zapowiedziały w ostatnich dniach, że będą chciały podważyć te decyzje rządowo-kościelnej komisji, w których uczestniczył Marek P. Wątpliwości dotyczące komisji prezydent Krakowa zgłaszał też w czterech skargach kasacyjnych do Naczelnego Sądu Administracyjnego.
W 2009 r. posłowie Lewicy zaskarżyli do Trybunału Konstytucyjnego przepisy o komisji, wskazując m.in., że nie ma możliwości odwołania się od jej decyzji. Termin posiedzenia w tej sprawie nie został jeszcze wyznaczony.
