Obama wyraził przekonanie, że Niemcy, które nie biorą udziału w interwencji zbrojnej NATO w Libii, będą odgrywały znaczną rolę w tym kraju po odejściu Muammara Kaddafiego.
Wezwał też Europę do rozwiązania kryzysu z zadłużeniem państw w eurostrefie, co w wielkim stopniu zależy od Niemiec.
W Waszyngtonie Merkel została przyjęta z wszystkimi honorami towarzyszącymi podróży o randze oficjalnej wizyty państwowej i otrzymała od Obamy Prezydencki Medal Wolności - najwyższe amerykańskie odznaczenie przyznawane cudzoziemcom.
Na wspólnej konferencji prasowej po rozmowach obojga przywódców we wtorek Merkel starała się bagatelizować wagę napięć między Waszyngtonie a Berlinem.
"Jestem przekonana, że nasze partnerstwo i przyjaźń mają bardzo szeroką podstawę. Mogą być tylko czasami różnice zdań, tam gdzie mamy różne obowiązki na świecie, ale ważne jest, że życzymy sobie nawzajem sukcesów" - powiedziała.
Obama był równie kurtuazyjny, mówiąc, że chętnie przyjedzie z wizytą do Niemiec.
"Bardzo chciałbym odwiedzić Berlin. Ostatnim razem kiedy tam byłem, było bardzo miło" - powiedział. Dodał żartobliwie, że spodziewa się wyboru na drugą kadencję, więc "będzie miał dużo czasu na zaplanowanie wizyty".
Merkel odpowiedziała: "Mogę obiecać, że Brama Brandenburska będzie długo stała na swoim miejscu".
W 2008 r., gdy Obama jako kandydat na prezydenta przybył do Niemiec, chciał w Berlinie przemawiać pod Bramą Brandenburską - jak prezydent John F. Kennedy w 1962 r. Merkel się jednak nie zgodziła.
Od tego czasu Obama nie odwiedził niemieckiej stolicy.
Na konferencji prasowej, mówiąc o Libii, kanclerz wyraziła przekonanie, że Kaddafi ustąpi ze stanowiska.
"Kaddafi musi odejść i odejdzie. Niemcy są oddane i okażą poparcie sprawie libijskiej" - powiedziała.
Niemcy wstrzymały się od głosu przy głosowaniu nad rezolucją Rady Bezpieczeństwa ONZ w marcu dającą NATO zielone światło do zbrojnej interwencji w Libii.
Był to kolejny przykład napięć między obu państwami. Wcześniej niemiecki minister finansów Wolfgang Schaeuble publicznie skrytykował wykupywanie z banków obligacji skarbowych przez Rezerwę Federalną w celu pobudzenia gospodarki USA do wzrostu. Jego zdaniem, grozi to wpędzeniem światowej gospodarki w kolejny kryzys.
Amerykański minister skarbu Timothy Geithner naciskał z kolei na Niemcy, aby pomogły zadłużonym krajom strefy euro.
Na konferencji z Merkel we wtorek Obama w dyplomatyczny sposób ponowił apel o rozwiązanie kryzysu zadłużeniowego.
"Nie można dopuścić, by problemy w strefie euro naraziły na szwank dochodzenie do siebie globalnej gospodarki" - powiedział.
Prezydent podkreślił, że sposób rozwiązania kryzysu zadłużeniowego "to decyzja Europejczyków", ale zaznaczył, że "wzrost ekonomiczny Ameryki zależy też od rozwiązania tego problemu".
Odznaczenie Merkel Prezydenckim Medalem Wolności wzbudziło zaskoczenie w niektórych kręgach w USA, ale eksperci zwracają uwagę, że jest to wyraz szacunku Obamy dla niemieckiej kanclerz i wysokiej rangi Niemiec w polityce zagranicznej USA.
"Jako zdecydowany realista, Obama uznaje, że Niemcy są teraz ewidentnie najpotężniejszym i najważniejszym mocarstwem w Europie. Ekonomiczny wzrost Niemiec pozostaje w ostrym kontraście wobec słabnięcia gospodarki USA" - powiedział Stephen Szabo z waszyngtońskiej fundacji German Marshall Fund.