Decyzję o przedłużeniu śledztwa, trwającego od sierpnia 2008 r., podjęła niedawno Prokuratura Generalna. Majewski nie umiał odpowiedzieć na pytanie, czy w zakreślonym terminie śledztwo się skończy, czy też będą potrzebne dalsze przedłużenia.
Prokuratura bada, czy była zgoda polskich władz na stworzenie w Polsce tajnych więzień CIA w latach 2002-2003 i czy ktoś z polskich władz nie przekroczył uprawnień, godząc się na tortury, jakim w punkcie zatrzymań CIA w Polsce mieli być poddawani podejrzewani o terroryzm. Postępowanie jest niejawne; nie są ujawniane żadne szczegóły. W 2009 r. prokuratura przyznała tylko, że śledczy potwierdzili "kilkanaście lotów na lotnisko w Szymanach", w którego pobliżu miało się znajdować takie więzienie.
Jerzy Szymański, dyrektor departamentu ds. przestępczości zorganizowanej Prokuratury Generalnej, napisał niedawno Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka, która monitoruje śledztwo, że nie może się zgodzić z określeniem HFPC tego postępowania jako "przedłużającego się oraz nieefektywnego". "Czynności procesowe w tej sprawie były i są realizowane w sposób zaplanowany i pozwoliły na uzyskanie istotnych dowodów, zapobiegając tym samym ich utracie" - głosi pismo ujawnione na stronach HFPC w internecie.
Szymański powtórzył, że sprawa jest tajna, wobec czego ujawnianie ustaleń prokuratury byłoby przestępstwem.
Abd al-Rahim al-Nashiri oraz Abu Zubaydah, którzy twierdzą, iż mogli być torturowani przez CIA w Polsce, mają w sprawie status pokrzywdzonych (fakt ten nie oznacza przyznania, że w Polsce faktycznie były więzienia CIA). Jeden z ich pełnomocników mec. Mikołaj Pietrzak prosił niedawno premiera Donalda Tuska o wsparcie kolejnych wniosków polskiej prokuratury do rządu USA. Prokuratura występowała już wcześniej o pomoc prawną do USA, ale Departament Sprawiedliwości USA jeszcze w październiku 2009 r. odpowiedział, że Stany Zjednoczone nie będą współpracować z Polską w tym śledztwie, bo mogłoby to naruszyć ich bezpieczeństwo lub inny istotny interes.
Domniemanie, że w Polsce - i kilku innych krajach europejskich - mogą być tajne więzienia CIA, wysunęła w 2005 r. organizacja praw człowieka Human Rights Watch. Według HRW takie więzienie w Polsce miało się znajdować na terenie szkoły wywiadu w Kiejkutach lub w pobliżu wojskowego lotniska w Szymanach na Mazurach. Polscy politycy, m.in. ówczesny prezydent Aleksander Kwaśniewski oraz premierzy zaprzeczali, by takie więzienia w Polsce istniały.
W 2010 r. ujawniono, że oficjalny rejestr lotów do Szyman potwierdza, iż w 2003 r. co najmniej sześć razy lądowały tam samoloty powiązane z CIA. Raport ONZ sformułował zaś przypuszczenie, że w latach 2003-2005 w Kiejkutach przetrzymywano ośmiu podejrzanych o terroryzm więźniów, a polskie władze powołały zespół agentów podporządkowanych Amerykanom i tylko przed nimi odpowiedzialnych. HFPC ujawniła też informacje Straży Granicznej, z której wynikało, że od grudnia 2002 do września 2003 r. siedmioma samolotami gulfstream (używanymi m.in. przez CIA) przywieziono do Szyman 20 osób z Afganistanu, Dubaju i Maroka.
Według polskich mediów, w śledztwie mieli zostać przesłuchani byli członkowie najwyższych władz, w tym Kwaśniewski, b. premier Leszek Miller i b. szef WSI gen. Marek Dukaczewski. Media spekulują o możliwości postawienia członków b. najwyższych władz RP przed Trybunałem Stanu za domniemaną "rezygnację z suwerenności nad częścią terytorium RP".
