Najgłośniejszą w III RP, a zakończoną w sądzie, aferą szpiegowską ze służbami specjalnymi b. ZSRR była sprawa Marka Zielińskiego (majora MSW z lat 80.), który w latach 1981-93 współpracował z wywiadem wojskowym ZSRR, a potem Rosji. Zatrzymał go w 1993 r. w Warszawie Urząd Ochrony Państwa podczas wręczania materiałów szpiegowskich attache wojskowemu ambasady Rosji płk. Władimirowi Łomakinowi, którego potem wydalono z Polski. W 1994 r. Zielińskiego skazano na 9 lat więzienia.
Także w 1993 r. UOP zatrzymał dwie osoby podejrzane o szpiegostwo na rzecz Ukrainy. W 1994 r. sąd wojskowy skazał na 2 lata w zawieszeniu Janusza Bojarskiego, bezrobotnego mechanika oraz Anatolija Łysenkę, majora Służby Bezpieczeństwa Ukrainy. Zastosowano wobec nich nadzwyczajne złagodzenie kary. Obaj spędzili w polskim więzieniu ponad pół roku.
W 1993 r. sąd wojskowy w Bydgoszczy skazał na 4 lata więzienia oficera WP Piotra Hoffmanna za szpiegostwo na rzecz wojskowego wywiadu RFN. Ppłk Hoffmann jako wykładowca Wyższej Szkole Oficerskiej w Koszalinie współpracował z niemieckim wywiadem od 1985 r. do 1992 r. (kiedy go zatrzymał UOP).
W 1993 r. od zarzutu szpiegostwa na rzecz dawnego ZSRR sąd wojskowy w Warszawie uniewinnił byłego ppłk. WP Adama S. Oskarżono go na podstawie jego własnych zeznań, które potem przed sądem odwołał.
Po 2000 r. skazano trzech b. oficerów Wojskowych Służb Informacyjnych, ujętych w 1999 r. przez UOP za szpiegostwo na rzecz ZSRR na przełomie lat 80. i 90. Zbigniew H. i Zbigniew P. dostali 3 lata, a Czesław W. - 4 lata. W 2005 r. skazano na 3 lata więzienia innego oficera WSI ppor. Wojciecha S., uznanego za winnego szpiegostwa na rzecz Rosji.
W 2007 r. inny były oficer WSI, płk Zbigniew Sz. został uniewinniony przez SN z zarzutu szpiegostwa w latach 90. na rzecz USA. Uchylając wyrok 2,5 roku więzienia i degradacji, SN zarządził zwolnienie go z zakładu karnego, w którym przebywał.
W 2008 r. Marcin Tylicki, były społeczny asystent szefa komisji śledczej ds. PKN Orlen Józefa Gruszki, został prawomocnie uniewinniony od zarzutu gotowości do współpracy z wywiadem Rosji.
We wrześniu 2009 r. Sąd Okręgowy w Warszawie, po tajnym procesie, skazał wtedy obywatela Białorusi Siergieja Monicza na pięć lat i sześć miesięcy więzienia, uznając, że za pieniądze chciał on zdobyć tajne informacje o polskim MSZ. Sąd już dwa razy oddalał wniosek obrony o warunkowe przedterminowe zwolnienie go z więzienia (za kratami jest już ponad cztery lata i nabył prawo do takiego zwolnienia). Monicza zatrzymano w 2006 r. na Litwie na wniosek Polski, która potem zażądała jego ekstradycji.
