Pogrzeb Jerzego Urbana odbył się we wtorek na Powązkach Wojskowych. Była to świecka uroczystość, która rozpoczęła się o godzinie 13 w domu pogrzebowym. Udział w ceremonii wziął m.in. były prezydent Aleksander Kwaśniewski, Adam Michnik, Katarzyna Grochola, Olga Lipińska oraz posłowie Maciej Gdula (Lewica) oraz Andrzej Rozenek (PPS).
W trakcie uroczystości głos zabrał m.in. były prezydent Aleksander Kwaśniewski, według którego Jerzy Urban "był człowiekiem bardzo wrażliwym". mówił Kwaśniewski.
Przed domem pogrzebowym zebrała się grupa protestujących, którzy wykrzykiwali do osób biorących udział w pogrzebie m.in. "przyszliście pożegnać Goebbelsa", "wszystko zniszczyliście", czy "wstyd mordercom". Trzymali też fotografię m.in. księdza Jerzego Popiełuszki oraz Grzegorza Przemyka.
Po ceremonii protestujący próbowali też zablokować włożenie urny z prochami do karawanu. Po kilku minutach blokady urna została umieszczona w karawanie i przewieziona do grobu rodzinnego Urbana, gdzie została złożona.
Jerzy Urban zmarł w poniedziałek, 3 października w wieku 89 lat.