Rok później, także na łamach"Science", Hwang poinformował o jeszcze bardziej spektakularnym osiągnięciu. Pracujący na Seulskim Uniwersytecie Narodowym naukowiec stworzył 11 linii ludzkich zarodkowych komórek macierzystych - takich, jakie mogłyby w przyszłości pomóc w leczeniu wielu groźnych chorób, m.in. białaczek czy choroby Parkinsona.

Laboratorium koreańskiego genetyka szybko znalazło się w orbicie zainteresowania mediów. Wszyscy czekali na kolejne przełomowe doniesienia. Stało się jednak inaczej. W listopadzie 2005 roku amerykański współpracownik dr. Hwanga, dr Gerald Schatten z University of Pittsburgh, niespodziewanie zerwał kontakty naukowe z Koreańczykiem. Schatten twierdził, że jego partner uciekał się w swoich eksperymentach do nieetycznych metod.

Jak wyjaśniał uczony, Hwang płacił dawczyniom komórek jajowych (wśród kobiet znajdowały się też pracownice seulskiego laboratorium). Odpowiedź dr. Hwang Woo-Suka była prosta: "byłem zaślepiony pracą i żądzą sukcesu".

Paradoksalnie, oświadczeniem tym naukowiec zyskał sobie wielką popularność wśród rodaków, którzy docenili jego zawodowe ambicje. Przejawem tego były nie tylko demonstracje w obronie genetyka, odbywające się pod jego macierzystą uczelnią, ale także... upamiętnienie wizerunku uczonego na koreańskich znaczkach pocztowych.

Krytyka metod pracy Hwanga spowodowała jednak, że naukowy świat zainteresował się tym, co działo się za drzwiami jego pracowni. Gdy niezależni naukowcy powtórnie przeanalizowali prace Koreańczyka, okazało się, że naruszenie zasad etycznych było jedynie wierzchołkiem góry lodowej.

Genetyk z Seulu dopuścił się wielu błędów i fałszerstw. Śledztwo wykazało, że w publikacji dotyczącej komórek macierzystych Hwang zamieścił zdjęcia tej samej, a nie różnych komórek (Hwang odpierał zarzut, twierdząc, iż była to edytorska pomyłka). Kolejne wątpliwości wzbudziło zbytnie podobieństwo DNA wyhodowanych komórek.

Skandal podsyciła prośba prof. Schattena skierowana do wydawców tygodnika "Science" o usunięcie jego nazwiska z opublikowanych prac Hwanga. Uzasadnieniem prośby miał być "zarzut jednej z osób zaangażowanej w badania, dotyczący sfabrykowania niektórych elementów raportu". By uciec od zgiełku, Hwang zaszył się w szpitalu. W tym samym czasie większość firm dotujących jego badania wycofała się ze sponsoringu.

Punkt kulminacyjny afery miał miejsce 15 grudnia 2005 roku, kiedy Roh Sung-il, jeden ze współautorów pracy dotyczącej komórek macierzystych, oświadczył publicznie, że 9 z 11 utworzonych linii komórek zostało spreparowanych.

"Hwang przyznał się do oszustwa" - stwierdził Roh i dodał, że Hwang oraz autorzy pracy wystąpili do wydawców "Science" o wycofanie ich prac z archiwum. "Science" nie spełniło tej prośby, podobnie jak wcześniejszej prośby Schattena, wyjaśniając, że "żaden autor, który w momencie składania pracy deklarował pewność co do jej zawartości, nie może usunąć po fakcie swojego nazwiska z publikacji".

W styczniu 2006 roku pod naciskiem zarzutów dr Woo-Suk Hwang przyznał się ostatecznie do popełnionych oszustw. Dwa miesiące później Seulski Uniwersytet Narodowy pozbawił go profesury. Od maja 2006 przeciwko Hwangowi toczy się sprawa karna o niewłaściwe wykorzystanie niemal 3 mld dolarów, pochodzących z państwowych i prywatnych dotacji. Grozi mu za to do 10 lat więzienia. Natomiast za naruszenie praw bioetyki Hwang może zostać pozbawiony wolności na trzy lata.