"Nie przekazywałem służbie bezpieczeństwa żadnych relacji o osobach lub sprawach związanych z moją posługą w Kościele, Stolicy Apostolskiej i służbie przy boku papieży: Pawła VI, Jana Pawła I i Jana Pawła II, jak i w okresie mojej posługi w diecezji pasterskiej łomżyńskiej oraz jako członek Episkopatu Polski" - zapewnia były metropolita poznański.
Abp Paetz to jeden z kilku biskupów, jakich ks. Tadeusz Isakowicz-Zaleski - były kapelan "Solidarności" - wymienia wśród duchownych współpracujących z bezpieką. Według niego, Paetz miał działać pod pseudonimem Fermo, a za jego pracę bezpieka wypłacała mu pieniądze. Zarejestrowano go w 1978 roku i na liście współpracowników pozostawał do 1983 roku - w czasie, kiedy przebywał w Watykanie. Według ks. Zaleskiego, Paetz także wcześniej kontaktował się z SB pod pseudonimem A.
Tych informacji nie potwierdza Kościelna Komisja Historyczna. Jej eksperci nie znaleźli dowodów współpracy abp. Paetza z wywiadem PRL, choć korzystali z tych samych materiałów, co ks. Isakowicz-Zaleski.
