Dla prokuratorów IPN to, co zrobił Kiszczak, było zbrodnią komunistyczną. Były minister, przekraczając swoje uprawnienia, wyrzucił w 1985 roku z pracy porucznika Romualda K. Twierdził, że wymaga tego ważny interes służby. Prawda była jednak inna. Kiszczakowi kością w gardle stanął fakt, że porucznik posłał swoją córeczkę do pierwszej komunii. Śledczy IPN mają na takie działanie swoje określenie - to represja w postaci dyskryminacji wyznaniowej.
Kiszczak nie przyznaje się do winy. Twierdzi nawet, że w ogóle nie podpisywał się pod rozkazem zwolnienia K. ze służby. Jednak, jak zaznaczył prokurator IPN Dariusz Wituszko, ze śledztwa wprost wynika, że to właśnie były minister podpisał rozkaz o zwolnieniu porucznika.
Były minister ma już podobny zarzut. Dotyczy on wyrzucenia ze służby gdańskiego milicjanta.
Ale na tym nie koniec problemów byłego szefa MSW. 83-letni obecnie Kiszczak jest też jednym z dziewięciu oskarżonych w procesie o bezprawne wprowadzenie 13 grudnia 1981 roku stanu wojennego. Odpowiada też przed sądem za wysłanie tajnego szyfrogramu do jednostek milicji, mających m.in. pacyfikować zakłady strajkujące po wprowadzeniu stanu wojennego. Według oskarżenia, szyfrogram ten był podstawą działań specjalnego plutonu ZOMO, który 15 i 16 grudnia 1981 roku strzelał do górników w kopalniach "Manifest Lipcowy" i "Wujek".
