Do końca wojny składała się ona wyłącznie z oficerów sowieckich i podlegała dowództwu Smiersza, czyli sowieckiego kontrwywiadu wojskowego.
Po 1945 r. do IW zaczęli też trafiać Polacy, ale przez cały okres jej istnienia najistotniejsze stanowiska w jej strukturze zajmowali oficerowie sowieccy. IW odpowiadała za masowe represje w Wojsku Polskim, których ofiarą padło ponad dwa tysiące żołnierzy i oficerów WP. Śledztwa prowadzone przez oficerów IW cieszyły się gorszą sławą od prowadzonych przez funkcjonariuszy UB. Od 1949 r. IW podlegała bezpośrednio ministrowi obrony, marszałkowi Konstantemu Rokossowskiemu, będąc najważniejszym narzędziem kontroli Kremla nad polską armią. IW dysponowała własną siecią agenturalną, w której w czasach stalinowskich pracowało ponad 20 tys. informatorów. W cieniu IW działał zajmujący się wywiadem wojskowym Oddział II, a następnie Zarząd II Sztabu Generalnego. Do 1956 r. wszyscy jego szefowie byli Rosjanami.
Po przełomie październikowym 1956 r. i desowietyzacji armii IW została zastąpiona przez Wojskową Służbę Wewnętrzną, która pełniła funkcję kontrwywiadu i Żandarmerii Wojskowej. Na jej czele postawiono ostatniego szefa IW gen. Aleksandra Kokoszyna, co dowodziło, że zachowano ciągłość personalną z dawną, stalinowską strukturą. Głównym zadaniem WSW, którą niemal do końca epoki PRL kierowali byli oficerowie IW (w osobach Teodora Kufla czy Czesława Kiszczaka), było – obok łapania zachodnich szpiegów – dbanie o polityczne morale żołnierzy i oficerów. W latach 80. gen. Wojciech Jaruzelski (sam mający za sobą współpracę z IW) rozszerzył zadania WSW oraz wywiadu wojskowego na walkę z „Solidarnością” i z innymi organizacjami opozycyjnymi. W tym czasie dla WSW pracowało ponad 16 tys. informatorów.
Upadek rządów komunistycznych w niewielkim stopniu wpłynął na działalność wojskowych służb specjalnych. Wprawdzie ostatni szef WSW gen. Edmund Buła stanął przed sądem za zniszczenie części archiwów podległej mu służby, ale poza nim nikogo już nie niepokojono. W kwietniu 1990 r. minister obrony narodowej wydał rozkaz o rozwiązaniu WSW. Z jej części utworzono Żandarmerię Wojskową, natomiast resztę połączono z wywiadem wojskowym, tworząc Zarząd II Wywiadu i Kontrwywiadu. Był to wstęp do utworzenia w sierpniu 1991 r. przez ministra obrony Piotra Kołodziejczyka WSI. Zmiany te miały przede wszystkim organizacyjny charakter i nie doprowadziły do głębszej reformy WSI. Tymczasem na przestrzeni lat 90. mnożyły się zarzuty pod adresem funkcjonariuszy WSI, których oskarżano m.in. o nielegalny handel bronią z krajami objętymi embargiem ONZ. Służby te miały się też zajmować inwigilacją polityków (znany przypadek Radka Sikorskiego) oraz penetracją środowiska dziennikarskiego. Ludzie związani z WSI pojawiali się w roli bohaterów niektórych wielkich afer, na czele ze sprawą FOZZ. W szeregach WSI zdemaskowano też kilku rosyjskich szpiegów. Wiele przemawia za tym, że WSI wykonywały różne zadania na zlecenie prezydentów Lecha Wałęsy i Aleksandra Kwaśniewskiego oraz ludzi z ich najbliższego otoczenia. Ostatni szef WSI gen. Marek Dukaczewski był przez wiele lat wysokim urzędnikiem w kancelarii Kwaśniewskiego.
