Były minister oskarżony jest m.in. o korupcję, przekroczenie uprawnień, oszustwo i namawianie do poświadczenia nieprawdy w dokumentach. Wszystkie te przestępstwa miał popełnić między 2004 a 2007 rokiem. Prokuratura zarzuca Lipcowi także przyjęcie "korzyści majątkowej w związku z pełnieniem funkcji publicznej" oraz w związku z działalnością Centralnego Ośrodka Sportu.
Były minister w rządzie PiS nie przyznaje się do winy.
Oprócz Lipca oskarżono również Arkadiusza Ż. - o przestępstwa korupcyjne oraz o podżeganie do przekroczenia uprawnień.
Akt oskarżenia prokuratorzy wystosowali także wobec Maryny L. - jak podaje "Rzeczpospolita" żony Tomasza Lipca. Miała ona - chcąc uchronić swojego męża przed karą - nakłaniać świadków do składania fałszywych zeznań.
Afera związana z ministrem sportu wybuchła na początku lipca 2007 roku, gdy CBA zatrzymało dwóch dyrektorów Centralnego Ośrodka Sportu po wręczeniu im kontrolowanej łapówki. Kilka dni później minister sportu podał się do dymisji.
Wkrótce okazało się, że także on jest podejrzewany o korupcję. Jak wynika z ustaleń dziennika.pl, Lipca miano zatrzymać tuż przed wyborami parlamentarnymi. Nie dopuściła jednak do tego ówczesna szefowa prokuratury Elżbieta Janicka, uważana za protegowaną Zbigniewa Ziobry.
Byłego ministra sportu zatrzymano dopiero tuż po wyborach - 25 października 2007 roku.
