Ostatni kontakt z argentyńskim okrętem zdołano nawiązać 15 listopada. Załoga informowała wówczas, że nastąpiła awaria akumulatorów służących do napędu silników elektrycznych, ale zdołano ją opanować. Do wnętrza okrętu przedostała się woda, powodując krótkie spięcie w baterii akumulatorów.
Wydano wówczas rozkaz powrotu do macierzystej bazy Mar del Plata. Okręt znajdował się wtedy w odległości ok. 432 km od wybrzeży Patagonii. Po utracie kontaktu Organizacja Traktatu o Całkowitym Zakazie Prób z Bronią Jądrową (CTBTO) wykryła za pośrednictwem własnej sieci czujników zjawisko akustyczne, które według marynarki wojennej mogło być odgłosem implozji (zgniecenia) kadłuba okrętu.
Okręt ARA San Juan został zbudowany w 1983 roku w niemieckiej stoczni Emden. Sześć lat temu przeprowadzono gruntowny remont jednostki, w którym uczestniczyły dwie niemieckie firmy. W ramach przeglądu wymieniono między innymi 964 akumulatory. Koszt remontu wyniósł 5,1 mln euro.
Przewodnicząca komisji spraw zagranicznych argentyńskiego parlamentu Cornelia Schmidt-Liermann przypuszcza, że w związku z remontem doszło do wręczenia łapówki, a prace przy wymianie akumulatorów nie były odpowiednio kontrolowane. Parlamentarzystka zwróciła się do niemieckiego rządu z prośbą o pomoc w wyjaśnieniu sprawy. Jak pisze "SZ", nieprawidłowości sugeruje też argentyński minister obrony Oscar Raul Aguad Beily.
Autorzy artykułu zaznaczają, że zarzuty korupcyjne nie są nowe: przed laty opisał je argentyński sędzia. - podkreśla "SZ". Sprawa wróciła, ponieważ akumulatory mogły mieć związek z katastrofą okrętu podwodnego. W czasie ostatniej zarejestrowanej rozmowy kapitan jednostki meldował przez radio, że w przedziale dziobowym, gdzie umiejscowione są akumulatory, wybuchł pożar.
Marynarka wojenna Argentyny poinformowała 30 listopada, że zakończono ratowniczą fazę poszukiwań zaginionego okrętu podwodnego. Informowano wtedy, że będą dalej prowadzone poszukiwania jednostki, jednak bez nadziei na odnalezienie żywych 44 członków załogi.
