Janusz Kochanowski nie ma wątpliwości, że decyzja o zlikwidowaniu księdza Jerzego Popiełuszki zapadła na szczytach władzy. Jego zdaniem rozkazy musieli wydawać generałowie Wojciech Jaruzelski i Czesław Kiszczak. Bo to im najbardziej zależało na uciszeniu księdza, którego słowa były dla nich bezpośrednim zagrożeniem.

O tym, że zabójstwo księdza Popiełuszki nie było odosobnionym przypadkiem, świadczą morderstwa innych duchownych, którzy nie bali się krytykować komunistycznej władzy. Po uprawomocnieniu się wyroków na czterech esbeków, którzy zabili ks. Jerzego, "nieznani sprawcy" zabili czterech kapłanów współpracujących z Solidarnością. Zdaniem wielu historyków, zbieżność tych liczb nie jest przypadkowa. Jeden ksiądz ginął za jednego esbeka wsadzonego do więzienia.

Do dziś nikt nie wyjaśnił okoliczności śmierci księży: Zycha, Niedzielaka, Suchowolca i Kowalczyka. Kochanowski twierdzi, że zagrożone było też życie księdza Stanisława Małkowskiego oraz księży Jankowskiego i Jancarza.

I choć Instytut Pamięci Narodowej na początku marca powołał specjalny zespół śledczy, do zbadania działalności związku przestępczego w MSW, który planował skrytobójstwa księży, szanse na pociągnięcie do odpowiedzialności tych, którzy wydawali rozkazy są niewielkie.

Szef tego zespołu prokurator Marek Klimczak podkreśla co prawda, że trudno uwierzyć, w to iż zabójcy księdza działali na własną rękę. Po chwili dodaje jednak, że badanie dokumentów jest niezwykle trudne, bo wiele materiałów zostało zniszczonych. Dlatego niezwykle trudno będzie ustalić, kto zlecił zabójstwo księdza.