Armia Islamu uważa przywódców Al-Kaidy za duchowych mentorów i popiera ideologię tej organizacji, chociaż nigdy nie przyznała się do bezpośrednich związków z nią.
"Jeśli członkowie palestyńskiej Armii Islamu, powiązanej z Al-Kaidą, sądzili, że udało im się ukryć za zwerbowanymi osobnikami, to mamy rozstrzygający dowód ich haniebnego udziału w zaplanowaniu i przeprowadzeniu tego barbarzyńskiego aktu terroru" - oznajmił minister Habib el-Adli.
Prezydent Hosni Mubarak w telewizyjnym wystąpieniu podziękował policji za wykrycie sprawców zamachu, podkreślając, że "usiłowali oni zasiać niezgodę między koptami i muzułmanami".
Rzecznik Armii Islamu zaprzeczył tym zarzutom. "Armia Islamu nie ma związku z zamachem na kościół w Egipcie, chociaż pochwalamy tych, którzy go przeprowadzili" - zapewnił.
Armia Islamu uczestniczyła w ataku z 2006 r. w Strefie Gazy, którego skutkiem było porwanie izraelskiego żołnierza Gilada Szalita. Później organizacja ta zerwała związki z Hamasem, który przejął kontrole nad Strefą Gazy.
Zamach na kościół w Aleksandrii, w którym obrażenia odniosło około 100 osób, był najpoważniejszym atak na chrześcijan w Egipcie od 10 lat.