Józefa Piniora i 10 innych osób CBA zatrzymało 29 listopada 2016 r. Wszyscy usłyszeli zarzuty popełnienia przestępstw o charakterze korupcyjnym. Pinior jest podejrzany o przyjęcie 46 tys. zł łapówki i płatną protekcję. Prokuratura chciała jego aresztowania oraz aresztu dla asystenta - Jarosława Wardęgi i jeszcze jednej osoby. 1 grudnia poznański sąd rejonowy nie uwzględnił tych wniosków, uznając, że brak było przesłanek do stosowania tego najsurowszego ze środków zapobiegawczych.
Postanowienia zaskarżyła prokuratura; zdaniem śledczych, sąd bezpodstawnie przyjął, że Pinior mógł nie być świadomy udziału w korupcyjnym procederze. Według prokuratury, sąd w żaden sposób nie uzasadnił też, na jakiej podstawie wykluczył możliwość matactwa ze strony podejrzanych. 20 grudnia sąd okręgowy oddalił zażalenia prowadzących śledztwo, utrzymując w mocy postanowienia o odmowie zastosowania aresztu. Sąd uznał wtedy, że w sprawie nie występuje obawa matactwa. Przyznał przy tym, że istnieje "duże prawdopodobieństwo, że podejrzany popełnił przestępstwo".
Prokuratura oświadczyła po tym orzeczeniu, że się z nim nie zgadza i według niej obawa matactwa w sprawie jest wciąż realna. Śledczy z Poznania zapowiedzieli też, że wystąpią do Prokuratora Generalnego o rozważenie upublicznienia dowodów ze sprawy b. senatora, z uwagi na "ważny interes publiczny, polegający na zobiektywizowanej potrzebie społecznej uzyskiwania rzetelnej informacji o działalności prokuratury".
W środę wieczorem "Magazyn Śledczy Anity Gargas" podał, że dotarł do stenogramów podsłuchanych w 2015 r. przez CBA rozmów Piniora z jego asystentem oraz biznesmenem Tomaszem G. Jak podano, świadczą one o tym, iż Pinior i Wardęga oczekiwali łapówek (nazywanych w tych rozmowach "pomocą") i w rozmowach z biznesmenami powoływali się na wpływy w instytucjach rządowych - m.in. w resorcie infrastruktury i rozwoju oraz Państwowej Straży Pożarnej.
W zamian za otrzymane pieniądze asystent Piniora miał aranżować spotkanie z wiceministrem infrastruktury, w wyniku którego zainteresowany biznesmen otrzymywał zgodę na rozbudowę centrum handlowego w Jeleniej Górze.
W rozmowie z czerwca 2015 r. Pinior ma pytać asystenta: . Asystent odpowiada: .
- pyta Pinior. - odpowiada Wardęga pytaniem. Pinior potwierdza i dodaje: - mówi Wardęga.
Na temat spotkania z wicekomendantem straży pożarnej rozmówcy wskazują, że kwestia zgody na rozbudowę centrum handlowego od strony bezpieczeństwa- mówi Pinior. - zapewnia Wardęga. " - dodaje ówczesny senator.
W rozmowie z 23 czerwca 2015 r. Wardęga miał powiedzieć Tomaszowi G.: . G. odpowiada: - miał powiedzieć Wardęga.
W nagranej 7 sierpnia 2015 r. rozmowie Piniora i Wardęgi miały paść wypowiedzi: - miał powiedzieć Pinior. - odpowiada Wardęga. - mówi Pinior. - proponuje Wardęga. - zgadza się senator.
Jak podała TVP, 9 września 2015 r. Wardęga informował biznesmena Tomasza G., że właśnie skończył rozmowę z "generałem" - jednym z komendantów PSP. - pyta go. - proponuje G. - mówi Wardęga. - odpowiada mu biznesmen.
W wyemitowanej w środę w TVP wypowiedzi Pinior powtórzył, że na temat całej sprawy będzie składał wyjaśnienia w sądzie.
W ocenie sądu, który decydował ws. niearesztowania Piniora, otrzymywane przez niego pieniądze, o których mowa w stawianych mu zarzutach, - powiedział sędzia.
Jak dodał, z treści zarejestrowanych rozmów wynika, że Pinior miał .
Po grudniowych posiedzeniach sądu Pinior zapewniał, że w trakcie procesu udowodni swą niewinność. Proszony o komentarz do stwierdzenia sądu o dużym prawdopodobieństwie popełnienia przestępstwa podkreślił, że - dodał. - mówił.