Rapacki, który jest legendą walki z przestępczością zorganizowaną i współtwórcą największych sukcesów CBŚ, chciał się pozbyć tzw. krakowskiego układu. Niektórzy z jego członków wywodzili się jeszcze ze Służby Bezpieczeństwa i wojskowych służb. Dlatego szukali na niego haków. Pomagali im w tym kryminaliści. Do prokuratury trafiły m.in. donosy, że Rapacki rzekomo hamuje najpoważniejsze śledztwa prowadzone w Krakowie.
"To właśnie styl działania <krakowskiego układu>. Rozpuszczanie nieprawdziwych informacji lub wręcz wysyłanie informatorów ze świata przestępczego do prokuratury, by tam składali fałszywe zeznania" - wyjaśnia jeden z rozmówców DZIENNIKA. Sam Rapacki nie chciał rozmawiać na ten temat. "To sprawa moich przełożonych oraz ewentualnie prokuratury" - uciął. Prokurator krajowy Jan Kaczmarek zapewnił, że się nią zajmie.
Na trop "układu" policjanci wpadli po głośnym morderstwie z początku sierpnia w jednej z krakowskich restauracji. Adam B., w przypływie zazdrości, zastrzelił wtedy swoją byłą kochankę, jej nowego narzeczonego, po czym odebrał sobie życie. Okazało się, że był informatorem policji, a broń dostał dzięki współpracy z CBŚ. Kontrolerzy z KG uznali, że informacje od tego agenta służyły policjantom do niszczenia funkcjonariuszy zagrażających "układowi".