Duchowny miał współpracować z bezpieką przez ponad 20 lat. Do dokumentów IPN w sprawie księdza Czajkowskiego dotarł dr Tadeusz Witkowski. Jego zdaniem, ksiądz Czajkowski był bardzo cennym agentem SB. Nic dziwnego, jeśli prawdą jest to, że donosił na księdza Jerzego Popiełuszkę oraz Komitet Obrony Robotników.

Sprawą zajęli się również redaktorzy "Więzi", którzy przejrzeli materiały z IPN i teraz dokładnie je badają. W lipcu podzielą się swoimi wnioskami z czytelnikami miesięcznika. Ksiądz Czajkowski zrezygnował już z funkcji asystenta kościelnego "Więzi". Upoważnił też redakcję do przekazania wyrazów ubolewania za swoją nieroztropność w przeszłości. Zapowiedział również, że do lipca nie będzie się wypowiadał w swojej sprawie.