Zaniechanie to jednak nie jedyny powód kłopotów z przeszłością Kościoła. Ten zwolennik lustracji duchownych uważa, że dramatyczne jest wręcz uwikłanie niektórych duchownych we współpracę z SB. Tym bardziej, że wielu z nich w latach 90. awansowało w hierarchii kościelnej, zaczęło pojawiać się w mediach i nadawać ton Kościołowi. Jego zdaniem najlepiej pokazuje to sprawa ks. Czajkowskiego.
"Kościół nie liczy się z dramatem świeckich, którzy nagle dowiadują się, że awansowany przez przez hierarchię ich proboszcz, dziekan, prowincjał czy nawet biskup donosił. Ci ludzie przezywają prawdziwe tragedie. Przecie ż jakie to jest załamanie autorytetu Kościoła!" - ocenia ks. Isakowicz-Zaleski.
Opowiada też, w jakich okolicznościach doszedł do wniosku "agenturalna przeszłość niektórych duchownych to wrzód, który wystarczy nakłuć, by wylało sie morze brudu". Pytany, po co nakłuwał? ksiądz odparł: "Przypadkowo". Dodał, że łatwo go krytykować, bo popełnia błędy jest mało dyplomatyczny, ale przynajmniej coś robi.
Pod koniec roku ma wyjść jego książka. To lista księży współpracujących z SB. Rękopis książki "Księża wobec SB" ks. Tadeusza Isakowicza-Zaleskiego dotarł już do wydawnictwa ZNAK, które zajmie się jego wydaniem.