Ustawa z 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła katolickiego w RP określiła zasady stosunku Państwa do Kościoła, w tym jego sytuację prawną i majątkową. Komisja Majątkowa przez ponad 20 lat działalności rozpatrywała wnioski dotyczące przywrócenia lub przekazania własności nieruchomości lub ich części. W jej 12-osobowym składzie zasiadało po sześciu przedstawicieli MSWiA i sekretariatu Konferencji Episkopatu Polski.
Komisja była wielokrotnie krytykowana m.in. za to, że większość decyzji zapadała bez konsultacji z samorządami czy zarządcami nieruchomości. Media donosiły też, że nie weryfikowano wycen gruntów przedstawianych przez rzeczoznawców Kościoła - miały być one zaniżane.
Nowelizację przewidującą likwidację Komisji Majątkowej rząd przyjął w końcu listopada ubiegłego roku. Rząd przedstawiając projekt argumentował, że likwidacja Komisji Majątkowej spowoduje, że budżet państwa zaoszczędzi 900 tys. zł, a sądom do rozstrzygnięcia pozostanie niewiele, bo około 220 niezałatwionych dotąd w Komisji spraw. Od początku działalności Komisja rozpatrzyła ok. 2,8 tys. spraw. Do zakończenia działalności przedstawi swe sprawozdanie MSWiA, a także Sekretariatowi KEP i Komisji Wspólnej Rządu i Episkopatu.
W Trybunale Konstytucyjnym są dwa wnioski o zbadanie konstytucyjności działania Komisji Majątkowej - jeden złożony w 2009 roku przez SLD (TK zbada go 31 stycznia) i drugi, który w grudniu ub. roku złożyła rzecznik praw obywatelskich. Główne zarzuty dotyczą braku dwuinstancyjności. RPO zwróciła uwagę, że samorządy, które nie mają statusu uczestnika postępowania przed Komisją Majątkową, często muszą zwracać mienie wcześniej zabrane przez państwo. Przed Komisją w imieniu samorządów wypowiadał się rząd.
W czerwcu ub. roku warszawska prokuratura postawiła zarzuty siedmiu osobom w sprawie nieprawidłowości przy przekazaniu zakonowi elżbietanek działki w stolicy przez Komisję.
We wrześniu ub. roku sąd w Gliwicach aresztował pełnomocnika instytucji kościelnych w Komisji Majątkowej Marka P. Prokuratura postawiła mu siedem zarzutów: jeden dotyczy korumpowania osoby z komisji, trzy - oszustw, dwa - zatajenia majątku, jeden - nadużycia uprawnień. Niedawno zarzut przyjęcia ponad 200 tys. zł łapówek od Marka P. usłyszał mec. Piotr P., pełnomocnik strony kościelnej w Komisji (nie został on aresztowany, zrezygnował już z funkcji w Komisji).
Prokuratura Apelacyjna w Warszawie wszczęła śledztwo z zawiadomienia SLD wobec domniemanych przestępstw w Komisji Majątkowej. Na początku października poseł SLD Sławomir Kopyciński złożył wniosek, według którego prokuratura powinna zbadać wszystkie postępowania Komisji w ciągu 20 lat jej działalności. Poseł uważa, że członkowie Komisji - orzekając ws. zwrotu Kościołowi majątku - wielokrotnie przekraczali uprawnienia i poświadczali nieprawdę. Według posła Kopycińskiego, powołującego się na dane Komisji, od początku działalności przekazała ona Kościołowi ponad 500 nieruchomości za ponad 24 mld zł i grunty rolne o powierzchni 76 tys. ha.
Zdaniem sekretarza KEP bp. Stanisława Budzika, sumy podawane przez Kopycińskiego są nieprawdziwe. Według biskupa w ramach prac Komisji Majątkowej Kościół otrzymał z budżetu 107,5 mln zł odszkodowania za mienie utracone w PRL.
Według danych, przekazanych przez współprzewodniczącego Komisji Majątkowej ze strony rządowej Józefa Różańskiego, kwota odszkodowań i rekompensat za mienie zabrane Kościołowi opiewa na około 140 mln zł. Według MSWiA przed Komisją Regulacyjną do Spraw Gmin Wyznaniowych Żydowskich wszczęto 5504 postępowania; 1928 postępowań zostało zakończonych całkowicie lub częściowo. Wysokość rekompensat i odszkodowań opiewa na blisko 56 mln zł.
