Czym naraził się ojciec Coyne? Po pierwsze otwarcie popierał darwinowską teorię ewolucji. Bo teoria, którą popiera papież, zakłada, że Bóg kierował procesem ewolucji. Karol Darwin uważał z kolei, że ewolucja postępowała przypadkowo. Zaprzeczał więc kościelnym dogmatom. Ale ojciec Coyone, który od 28 lat szefował watykańskiemu obserwatorium, uważał, że jej założenia można pogodzić z religią chrześcijańską.
Po drugie jezuita skrytykował artykuł o watykańskiej teorii ewolucji. Tekst na łamach "New York Timesa" opublikował kardynał Christoph Schonborn, uczeń Benedykta XVI. "Nie ma najmniejszego pojęcia, co inteligentny rozwój oznacza w USA" - napisał w krytyce Coyne o papieżu.
Zwolnienie astronoma budzi dodatkowe kontrowersje, bo za kilka tygodni w Watykanie odbędzie się międzynarodowa konferencja o wpływie teorii Darwina na naukę Kościoła o stworzeniu.