Andrzej Seremet odmówił wysłania wniosku do Sejmu, czego chciała Prokuratura Apelacyjna w Warszawie. Rzecznik Prokuratury Generalnej Mateusz Martyniuk powiedział w środę PAP, że wniosek musi być poprawiony w kilku punktach.
W styczniu Seremet podjął decyzję o zwrocie do Prokuratury Apelacyjnej w Warszawie pierwszego wniosku o uchylenie immunitetu, bo miał on uchybienia formalne oraz merytoryczne. Pod koniec marca prokuratura ponowiła wniosek, dopisując, że Macierewicz powinien odpowiadać za pomocnictwo w ujawnieniu informacji niejawnych.
Według mediów chodzi o ujawnienie tajnych współpracowników cywilnych służb specjalnych RP (ustawa dawała prawo ujawniania w raporcie tylko agentów WSI łamiących polskie prawo).
Mam wrażenie, że jest to działanie mające cechy polityczne; łączyłbym je z tym, że w sprawie smoleńskiej udowodniliśmy matactwo - tak Macierewicz komentował poprzedni wniosek. Działania prokuratury PiS uznało za polityczne i podyktowane chęcią swoistej zemsty na byłym szefie Komisji Weryfikacyjnej WSI. Antonii Macierewicz jest szefem parlamentarnego zespołu ds. wyjaśnienia przyczyn katastrofy smoleńskiej.
Śledztwo w sprawie niedopełnienia obowiązków lub przekroczenia uprawnień przy tworzeniu raportu z weryfikacji b. Wojskowych Służb Informacyjnych wszczęła pierwotnie w październiku 2007 r. Prokuratura Okręgowa w Warszawie; potem przejęła stołeczna prokuratura apelacyjna. Zostało wszczęte po zawiadomieniach o przestępstwie, jakie wpłynęły od osób i instytucji wymienionych w raporcie m.in. jako agenci WSI (takie zawiadomienia złożyły m.in. Polsat i ITI).
Macierewicz wiele razy podtrzymywał wszystkie swe wypowiedzi co do raportu i mówił, że jego ustalenia są oparte na dokumentach WSI i ustaleniach komisji weryfikacyjnej.
WSI powołano w 1991 r.; przestały istnieć 30 września 2006 r. Zarzucano im wiele nieprawidłowości, m.in. brak weryfikacji z lat PRL, tolerowanie szpiegostwa na rzecz Rosji, udział w aferze FOZZ, nielegalny handel bronią, dziką lustrację b. wiceszefa ABW. Opisano to w ujawnionym w lutym 2007 r. przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego raporcie z weryfikacji WSI, sygnowanym przez Macierewicza.
Trwa kilkanaście procesów cywilnych wytoczonych MON przez osoby z raportu. Sądy prawomocnie nakazały już MON przeprosiny kilkunastu. Do sądów wpłynęło niemal 30 pozwów w sprawie raportu: MON przeprosiło już kilkanaście osób. Według MON łączna szacunkowa kwota kosztów resortu wyniesie ok. 500 tys. zł.
W 2008 r. Trybunał Konstytucyjny uznał za sprzeczne z konstytucją m.in. pozbawienie osób z raportu prawa do wysłuchania przez komisję przed ujawnieniem dokumentu, prawa dostępu do akt sprawy oraz odwołania do sądu od decyzji o umieszczeniu w raporcie. Po tym prezydent Kaczyński zdecydował nie ujawniać przygotowanego przez Macierewicza aneksu do raportu.