W październiku 2016 r. wydział spraw wojskowych prokuratury postawił zarzuty przekroczenia uprawnień b. szefowi SKW gen. Januszowi N. i jego następcy gen. Piotrowi P. - oraz oficerowi SKW Krzysztofowi D. Grozi im do 3 lat więzienia. Jak podała prokuratura, chodzi o przekroczenie uprawnień w związku z funkcjonowaniem SKW, m.in. o podjęcie współpracy ze służbą obcego państwa bez wymaganej zgody prezesa Rady Ministrów.
W środę rano na polecenie prokuratury Żandarmeria Wojskowa zatrzymała b. szefa SKW gen. bryg. rez. Piotra Pytla; został on dowieziony z Krakowa do prokuratury w Warszawie. Szef MON Antoni Macierewicz powiedział, że wobec Pytla prowadzone jest śledztwo i stawiane są mu zarzuty w związku z nielegalnym współdziałaniem z rosyjską Federalną Służbą Bezpieczeństwa.
Tomasz Siemoniak komentując w środę tę sprawę w "Faktach po Faktach" TVN, ocenił, że Antoni Macierewicz swoim zachowaniem pokazuje, że "jest potencjalną ofiarą rekonstrukcji rządu". - uważa Siemoniak.
Dopytywany, komu szef MON chce się przypodobać swoim zachowaniem, Siemoniak powiedział: "Myślę, że on myśli, że prezesowi PiS, Jarosławowi Kaczyńskiemu". - uważa Siemoniak.
W jego opinii zachowanie ministra Macierewicza opiera się na metodzie "łapaj złodzieja". - powiedział Siemoniak.
Jak podkreślił, sprawa postępowania prokuratury wobec b. szefów SKW "w samym PiS-ie budzi mieszane uczucia". - wskazał polityk PO. dopytywał Siemoniak.
podkreślił b. szef MON. - zaapelował b. szef MON do prezesa PiS Jarosława Kaczyńskiego. Jak dodał, dalsze "dziwne zachowanie Antoniego Macierewicza pozostawi Polskę na marginesie" światowej polityki.