Trotyl na tupolewie - jak twierdzi część ekspertów - wcale nie musi oznaczać, że ktoś podłożył bombę w prezydenckim samolocie. Jedna z hipotez mówi, że trotyl pochodzi z poligonów wojskowych i pozostałości po II wojnie światowej - gdy samolot wbił się w ziemię, resztki materiałów wybuchowych wymieszały się ze szczątkami samolotu. Niewykluczone również, że wrak, kiedy przeorał ziemię, trafił w niej na niewybuchy z czasów wojny. W rejonie Smoleńska rozegrały się dwie duże bitwy, w 1941 i 1943 roku.
Kolejnym wytłumaczeniem jest to, że pył z resztkami trotylu zostawili żołnierze, którzy kilka dni wcześniej lecieli tym samolotem do Afganistanu. Ewentualnie, że rozpylone w powietrzu drobiny materiałów wybuchowych osiadły na kadłubie, gdy maszyna stała na lotnisku w Kabulu.
Trzecie wytłumaczenie podsuwa redaktor naczelny "Rzeczpospolitej". Tomasz Wróblewski sugeruje, że ślady materiałów wybuchowych mogły podrzucić rosyjskie tajne służby. Jego zdaniem celem tajnych agentów miałoby być skłócenie Polaków i rozpętanie potężnej burzy politycznej.
Czwarta hipoteza mówi o zamachu. Zgodnie z wersją, którą podaje Antoni Macierewicz, powołując się na prace jego zespołu parlamentarnego, samolot został zniszczony wybuchem, tuż nad ziemią. To zdaniem ekspertów Macierewicza tłumaczy intensywne rozproszenie szczątków tupolewa na miejscu katastrofy.
